Fluorestsentsmikroskoope on nende optilise tee osas kahte tüüpi
1. Läbilaskev fluorestsentsmikroskoop: ergastusvalgusallikas lastakse fluorestsentsi ergutamiseks läbi proovimaterjali läbi kondensaatorläätse. Tavaliselt kasutatakse tumevälja kollektorit ja tavalist kollektorit saab kasutada ka peegli reguleerimiseks nii, et ergastusvalgus suunatakse ümber ja suunatakse proovile mööda. See on vanem fluorestsentsmikroskoop. Eeliseks on see, et fluorestsents on madalal suurendusel tugev, miinuseks aga see, et fluorestsents väheneb suurenduse suurenedes. Seetõttu on parem vaadelda suuremaid proovimaterjale.
2. Epi-fluorestsentsmikroskoop on uut tüüpi fluorestsentsmikroskoop, mis on välja töötatud kaasajal. Erinevus seisneb selles, et ergastusvalgus langeb objektiivilt alla proovi pinnale, see tähendab, et sama objektiivi kasutatakse nii valgustuskondensaatorina kui ka fluorestsentsi kogumise objektiivina. Valgusteele, mis on heledast uraanist 45 kraadi kaugusel, tuleb lisada dikroonne kiirjagur. Ergastusvalgus peegeldub objektiivil ja kogutakse proovile. Proovi tekitatud fluorestsents ja objektiivi läätse pinnalt ja katteklaasi pinnalt peegelduv ergastusvalgus sisenevad objektiivi üheaegselt ja naasevad kahevärvilise kiire jaoturisse, et muuta ergastusvalgus. Eraldatud fluorestsentsist , jääkergutusvalgus neeldub blokeerivate filtrite poolt. Näiteks erinevate ergastusfiltrite / kahevärviliste kiirte jaoturi / blokeerimisfiltri kombinatsiooni vahetamine võib vastata erinevate fluorestseeruvate reaktsiooniproduktide vajadustele. Seda tüüpi fluorestsentsmikroskoobi eeliseks on see, et vaatevälja valgustus on ühtlane, kujutis on selge ja mida suurem on suurendus, seda tugevam on fluorestsents.
