Fluorestsentsmikroskoobi eristruktuuride hulka kuuluvad:
(I) Filtrisüsteem
Filtriplokk on fluorestsentsmikroskoobi oluline osa. Selle põhikomponendid koosnevad ergastusfiltrist (esimene tõkkefilter), emissioonifiltrist (teine tõkkefilter) ja kiirt jagavast peeglist. Filtrite mudelitähised ja nimetused on tootjate lõikes erinevad.
Ergastusfiltrid ja emissioonifiltrid Valgusallika ja fluorokroomide omaduste põhjal valitakse tavaliselt järgmised kolm sobivat kombinatsiooni. Need pakuvad ergastavat valgust kindlas lainepikkuse vahemikus ja edastavad proovist kiirgava fluorestsentsi pildistamiseks okulaarile.
Ultraviolett ergastus: Ergastusfilter edastab ultraviolettvalgust ja blokeerib nähtava valguse lainepikkusel üle 400 nm. Vastav emissioonifilter laseb sinist valgust läbi, tekitades vaateväljas sinise pildi, nt DAPI värvimiseks.
Sinise valguse ergutus: Ergastusfilter edastab sinist valgust ja blokeerib teiste lainepikkuste valgust. Vastav emissioonifilter laseb läbi rohelise tule, nt GFP märgistamiseks.
Rohelise valguse ergutus: Ergastusfilter edastab rohelist valgust ja blokeerib teiste lainepikkustega valguse. Vastav emissioonifilter laseb tavaliselt punase valguse läbi, nt rodamiini värvimiseks.
Kiirt poolitav peegel See blokeerib ja peegeldab täielikult ergastavat valgust, edastades samal ajal vastava lainepikkuse vahemiku kiirgavat valgust. Selle mudel on sobitatud ergastusfiltri ja emissioonifiltriga.
(II) Objektiivid ja okulaarid
Enamikku objektiive saab kasutada, kuid eelistatud on apokromaatilised, akromaatilised objektiivid. Neil on äärmiselt madal autofluorestsents ja fluorestsentsrakenduste jaoks sobiv läbilaskvus (lainepikkuse vahemik). Kujutise fluorestsentsi heledus mikroskoobi vaateväljas on võrdeline objektiivi numbrilise ava ruuduga ja pöördvõrdeline selle suurendusega. Fluorestsentspiltide heleduse parandamiseks tuleks kasutada suure numbrilise avaga objektiive. Eriti nõrgalt fluorestseeruvate proovide puhul valige suure numbrilise ava ja suure valguse läbilaskvusega objektiivid, mis on ühendatud väikseima võimaliku suurendusega okulaaridega.
(III) Muud optilised komponendid
Peegeldav peegel: selle peegeldav kiht on tavaliselt alumiiniumkattega. Alumiiniumil on madal ultraviolettvalguse ja nähtava valguse sinakasvioletne riba neeldumine, peegeldusvõime on üle 90% (hõbe ulatub ainult umbes 70%). Tasapinnalised peeglid on üldiselt kasutusele võetud. Kondensaator: spetsiaalselt fluorestsentsmikroskoopide jaoks loodud kondensaatorid on valmistatud kvartsklaasist või muust UV-kiirgust läbipaistvast klaasist. Epivalgustusseade: lisaks läbiva valgusallika funktsioonile sobib see paremini läbipaistmatute ja poolläbipaistvate proovide, näiteks paksude viilude, filtrimembraanide, bakterikolooniate ja koekultuuride otseseks vaatlemiseks. Paljud äsja väljatöötatud fluorestsentsmikroskoobid kasutavad epifluorestsentsmikroskoobidena tuntud epi-valgustussüsteeme.
