Katte paksuse mõõdiku mõõtmine on mitmel põhjusel ebatäpne.
(1) Tugeva magnetvälja häired. Oleme teinud lihtsa katse, kui seade töötab umbes 10,000 V elektromagnetvälja lähedal, on mõõtmine tõsiselt häiritud. Kui see on elektromagnetväljale väga lähedal, võib tegemist olla kokkupõrke nähtusega.
(2) Inimlikud elemendid. See olukord tekib sageli uute kasutajate puhul. Katte paksuse mõõturi võime muuta kerget magnetvoo muutust digitaalseks signaaliks võimaldab mõõta katte paksust kuni mikronini. Kui kasutaja seadet ei tunne, võib sond mõõtmisprotseduuri ajal testitavast kehast eemalduda. See muudab magnetvoogu ja tulemuseks on vale mõõtmine. Seetõttu on seadme esmakordsel kasutamisel soovitatav kasutajatel ja sõpradel esmalt mõõtmisprotseduurist aru saada. Sondi paigutus mõjutab mõõtmist suuresti. Mõõtmise ajal tuleb sondi hoida proovi pinnaga risti. Ja sondi ei tohiks asetada liiga kauaks, et mitte põhjustada häireid maatriksi enda magnetväljas.
(3) Süsteemi kalibreerimisel ei valitud vale substraati. Substraadi minimaalne paksus peab olema 0,2 mm ja minimaalne tasapind 7 mm. Sellest künnisest madalamad mõõtmised ei ole täpsed.
(4) Mis tahes seotud ühendite mõju. Seade on tundlik kemikaalide suhtes, mis kleepuvad ja takistavad sondi sattumist kattepinna lähedale. Sondi otsese kokkupuute tagamiseks kattekihi pinnaga tuleb kinnitatud materjalid eemaldada. Lisaks peab valitud aluspinna pind olema süsteemi kalibreerimiseks paljas ja sile.
