Valgus- ja elektronmikroskoobid erinevad üksteisest. Võrrelge sarnaste terminite variatsioone.
Optiline mikroskoop suudab näha ainult spetsiifilisi rakustruktuure, nagu rakuseinad, kloroplastid, märgistatud kromosoomid, mitokondrid, tuumad jne, samas kui elektronmikroskoobiga saab jälgida kõiki rakustruktuure. Lihtsamalt öeldes võib valgusmikroskoop paljastada raku mikroskoopilise struktuuri, samas kui elektronmikroskoop võib paljastada selle submikroskoopilise koostise.
Suurendus on peamine erinevus. Olenemata sellest, kui palju suumi kasutatakse, on optilistel mikroskoopidel maksimaalne suurendus, millest inimsilm ei suuda eristada. y(min)=0.61*lainepikkus / (n*sinu) Maksimum on ligikaudu 1,5 isegi siis, kui n*sinu on sukeldatud õlisse, ja ülejäänud kogused sõltuvad lainepikkuse suurusest. Seetõttu on sissesuumimine mõttetu, sest optilise mikroskoobi maksimaalne suurendus on umbes 1000 korda. Kuna elektronmikroskoobiga pildistamisel kasutatavate elektronkiirte lainepikkus on märgatavalt lühem kui nähtaval valgusel, suudavad need lahendada pisikesi detaile, võimaldades suurendusi kuni mitme miljonini.
