põhimikroskoop
Seda peetakse originaalmikroskoobiks. Seitsmeteistkümnendal sajandil leiutas Leeuwenhoek. Integreeriti kumerad läätsed ja raamid. Spetsiaalseid liike saab suurendada 200–300 korda (pigem nagu luup). Kuna mikroskoobid võivad avaldada teavet bioloogilise materjali kohta, on need uskumatult lihtsad, kuid äärmiselt tõhusad tööriistad.
Kellassepp kasutab väikeste kellaosade nägemiseks ja suurendamiseks põhimikroskoopi. Seda kasutavad ka juveeli- ja nahatööstuse spetsialistid. Selle tehnikaga saab suurendada raamatute tähtede kujutisi, kiudude ja niitide tekstuure ning templite ja graveeringute peenemaid detaile. Alates teiste teise objektiiviga mikroskoopide leiutamisest, mis parandab pildikvaliteeti, ei kasutata enam põhimikroskoope.
aatomiskaala mikroskoop
Liitmikroskoobis valgustab slaidi all asuv lamp. Proovi suurendamiseks kasutatakse kahte objektiivi – ühte slaidi lähedal, mida nimetatakse objektiiviks, ja ühte ülaosas, mida nimetatakse okulaariks. Need pakuvad kahemõõtmelist pilti, mida saab sõltuvalt objektiivi võimsusest muuta.
Liitmikroskoobid on erineva kujundusega, kuid sageli üsna lihtsad, mistõttu on neid lihtne kasutada igaühe jaoks. Liitmikroskoopiliste mikroskoopide eeliseks on see, et neid saab suurema suurenduseni suurendada ja need on õpilastele, entusiastidele ja teadlastele odavad. Nende väiksem eraldusvõime tähendab, et sarnaselt keerukamate mikroskoopidega ei ole pilt kunagi terav.

fluorestseeruv pildisüsteem
Briti teadlane George G. Stokes defineeris fluorestsentsi algselt 1852. aastal. Kui ta märkas, et mineraalne fluorestsents särab UV-valgusega aktiveerituna punaselt, mõtles ta välja nimetuse "fluorestsents". Ta rõhutas, et fluorestsentskiirgusel on pikem lainepikkus kui ergastusvalgusel. Kuna fluorestsentsmikroskoopia suudab näha sihtmolekulide eralduvat fluorestsentsi, on see ainulaadne tehnika. Selleks lisatakse sihtrakkudele teatud fluorestseeruvad kemikaalid, mis panevad need helendama, kui neile ergastusvalgust valgustatakse.
Ainete nagu klorofüll, A-vitamiin, kollageen, riboflaviin jne autofluorestsents võimaldab neid jälgida selle mikroskoobi all ilma fluorestseeruvaid pigmente kasutamata. Fluorestseeruvate värvainetega tuleb värvida ka teisi komponente, nagu tselluloos, glükogeen, valgud, süsivesikud ja Y-kromosoomid. Rakkude spetsiifilisi valke saab näha fluorestseeruvate värvainete abil.
konfokaalidega mikroskoop
Vastupidiselt stereo- ja liitmikroskoobile kasutab konfokaalne mikroskoopia laserallika nähtavat valgust. Proovi skaneerimiseks laseriga ja saadud kujutise ühendamiseks arvutisse ekraani projitseerimiseks on mikroskoopidel mitmeid skaneerivaid peegleid. Kõnealusel mikroskoobil puuduvad okulaarid. Need pakuvad kahemõõtmelist pilti, mida saab sõltuvalt objektiivi võimsusest muuta.
Sõna "konfokaalne" viitab sellele, kuidas see mikroskoop kõrvaldab defokuseeritud signaalid, erinevalt fluorestsentsmikroskoopiast, kasutades punktvalgustust ja detektori ees asuvas optiliselt konjugeeritud tasapinnas olevaid nööpnõelasid. Pildi optiline eraldusvõime on oluliselt kõrgem kui laivälja mikroskoopia puhul, kuna fluorestsentsvalgust saab tuvastada ainult fookustasandile väga lähedalt. Kuna aga auk blokeerib suurema osa proovi fluorestsentsi valgusest, tuleb suurem eraldusvõime nõrgema signaali arvelt, mistõttu on vaja pikki säritusi.
elektrooniline mikroskoop
1986. aastal loodi Jaapanis digitaalmikroskoop. See kasutab arvutit asjade tajumiseks, mida inimsilm ei suuda. Neid võib leida kas okulaaridega või ilma. Selle saab USB-kaabli abil ühendada arvutimonitoriga. Seda saab arvutitarkvara abil näidata laiendatud näidisena arvutiekraanil. Nii fotosid kui ka liikuvaid fotosid saab jäädvustada ja arvuti mällu salvestada. E-post võimaldab salvestatud fotosid pikema aja jooksul säilitada. Seda saavad kasutada teadlased, üliõpilased, amatöörid ja tootjad.