Millised on kahe fotoni fluorestsentsmikroskoopia eelised
1) pika lainepikkusega valgust mõjutab hajumine vähem kui lühikese lainepikkusega valgust ja see tungib kergesti proovi sisse;
2) väljaspool fookustasandit olevaid fluorestseeruvaid molekule ei ergutata, nii et rohkem ergastusvalgust jõuab fookustasandile, nii et ergastusvalgus võib tungida sügavamatesse proovidesse;
3) pika lainepikkusega lähiinfrapunavalgus on rakkudele vähem toksiline kui lühikese lainepikkusega valgus;
4) Proovide vaatlemisel kahefootonilise mikroskoobiga ilmneb fotopleegitamine ja fototoksilisus ainult fookustasandil. Seetõttu on paksude proovide vaatlemiseks, elusrakkude vaatlemiseks või täppide fotopleegitamise katseteks sobivam kahe fotoni mikroskoopia kui ühefotoni mikroskoopia.
