Fluorestsentsmikroskoope on nende optiliste radade osas kahte tüüpi:
1. Läbilaskev fluorestsentsmikroskoop: ergastusvalgusallikat kasutatakse fluorestsentsi ergutamiseks, läbides proovimaterjali läbi kondensaatorläätse. Kasutada saab ka tavaliselt kasutatavaid tumeda välja kontsentraatoreid ja tavalisi kontsentraatoreid saab kasutada reflektori reguleerimiseks, et ergutusvalgust proovile ümber suunata ja külgsuunas suunata. See on suhteliselt vana-moodne fluorestsentsmikroskoop. Selle eeliseks on tugev fluorestsents madalal suurendusel, miinuseks aga see, et fluorestsents väheneb suureneva suurendusega. Seetõttu on see parem suuremate proovimaterjalide vaatlemiseks.
2. Langeva valguse fluorestsentsmikroskoop on uut tüüpi fluorestsentsmikroskoop, mis on välja töötatud kaasajal. Erinevalt ülaltoodust langeb ergastav valgus objektiiviläätsest allapoole proovi pinnale, kasutades sama objektiivi kui valgustuskondensaatorit ja objektiivi fluorestsentsi kogumiseks. Optilisele teele, mis on heledast uraanist 45 kraadi kaugusel, tuleb lisada kahevärviline kiirjaotur. Nurk, ergastusvalgus peegeldub objektiivi ja keskendub proovile. Proovi tekitatud fluorestsents, samuti objektiiviläätse ja katteklaasi pinnalt peegelduv ergastusvalgus siseneb objektiivi ja naaseb kahe värvikiire jaoturisse, eraldades ergastusvalguse ja fluorestsentsi. Seejärel neelab jääkergutusvalguse blokeeriv filter. Kui kasutatakse erinevaid ergastusfiltrite/kahevärviliste kiirte eraldajate/blokeerivate filtrite kombinatsioone, vastavad need erinevate fluorestseeruvate reaktsiooniproduktide vajadustele. Selle fluorestsentsmikroskoobi eelised on ühtlane väljavalgustus, selge kujutis ja tugevam fluorestsents suurema suurendusega.
