Märgitakse erinevusi valgus- ja elektronmikroskoobi vahel.
Optilise mikroskoobi ja elektronmikroskoobi erinevus seisneb selles, et optilise mikroskoobiga saab näha ainult teatud rakustruktuure, nagu rakuseinad, kloroplastid, värvitud kromosoomid, mitokondrid, tuumad jne väikesed organellid. Lühidalt, valgusmikroskoobiga saab näha rakkude mikroskoopilist struktuuri ja elektronmikroskoopi submikroskoopilist struktuuri.
Peamine erinevus on suurendus. Optilistel mikroskoopidel on suurenduse piirang ja ükskõik kui suur on suum, ei suuda inimsilm seda eristada. y(min)=0.61*lainepikkus)/(n*sinu) —— Isegi kui n*sinu on õlisse kastetud, on maksimum umbes 1,5 ja ülejäänu oleneb lainepikkuse suurusest. Seetõttu on optilise mikroskoobi maksimaalne suurus umbes 1000 korda suurem ja sisse suumimine on mõttetu. Elektronmikroskoobid kasutavad pildistamiseks elektronkiirt ja lainepikkus on palju väiksem kui nähtava valguse lainepikkus, seega on minimaalne eraldusvõime kaugus y(min) palju järjest väiksemaid detaile saab lahendada ning suurendus võib ulatuda mitme miljonini.
